Organisationen inom kyrkan kan ibland verka litet krånglig. En del av det beror på att kyrkan vill vara öppen, demokratisk och samtidigt också fungerar som ett offentligt rättsligt samfund.

Alla lutherska församlingar inom Pedersöre och Jakobstad hör till Pedersörenejdens kyrkliga samfällighet.

Samfälligheten sköter en del gemensamma uppgifter som t.ex. fastigheterna, gravgårdarna, ekonomikontor och löner. För att bestämma om de frågorna  finns ett gemensamt kyrkofullmäktige. Det är valt av alla medlemmar i offentligt val. Varje församling har ett bestämt antal platser i gemensamma fullmäktige.

Vid samma val väljer medlemmarna också ett församlingsråd för sin församling. Församlingsrådet kan man säga är församlingens eget "fullmäktige". Det fungerar därför parallellt med gemensamma kyrkofullmäktige och är inte underställt någon annan än medlemsvalet.